I Harmonies bygger du landskap med fargede brikker for å skape habitater for dyrene dine. Målet er å tjene flest poeng ved å plassere habitater klokt og bosette så mange dyr som mulig.

Spillet starter med at hver spiller velger tre terrengbrikker fra sentrum og plasserer dem på sitt personlige brett. Du kan også velge et dyrekort og plassere dyrekuber på matchende mønstre, men du kan ikke ha mer enn fire kort på hånden. Etter hver tur fylles brikker og kort på.

Plasseringen av brikkene styres av dyrekortenes mål og poengregler for ulike terrengtyper, som fjell som gir flere poeng jo høyere de er, men kun om de grenser til andre fjell. Får du plassert alle kubene på et dyrekort, kan du trekke et nytt. Kortene scores basert på høyeste udekket tall.

Spillet avsluttes når det ikke er flere brikker igjen, eller når minst én spiller har få ledige felt på brettet. Spilleren med høyest poengsum vinner. For en rikere opplevelse kan du også bruke Naturens Ånder-kort, som gir vedvarende effekter.